এটি জামিয়ার শিক্ষা ব্যবস্থায় সর্বাধিক সমৃদ্ধ, বৃহত্তর ও প্রধান বিভাগ। এ বিভাগেই তৈরি হয় জাতির কাণ্ডারী-আধ্যাত্মিক রাহবার। দ্বীনি শিক্ষার ক্রম মূল্যায়নের ভিত্তিতে কিতাব বিভাগটি মৌলিক…. পর্যায়ে পাঁচটি স্তরে বিভক্ত। ইবতিদাইয়্যাহ (প্রাথমিক) মুতাওয়াসসিতাহ (মাধ্যমিক) সানুবিয়্যাহ উলয়া (উচ্চমাধ্যমিক) ফজিলত (ডিগ্রি) ও তাকমীল (মাস্টার্স)। এ ৫টি স্তরে মোট ১০ বছর মেয়াদে পূর্ণ দ্বীনী শিক্ষার মাধ্যমে একজন শিক্ষার্থীকে যোগ্য আলেমরূপে গড়ে তোলা হয় ও সনদ প্রদান করা হয়। এ বিভাগের উত্তীর্ণ আলেমগণ ‘মাওলানা’, উপাধি লাভ করেন।